Toamna, procesul de mineralizare a materiei organice conținută în sol este mult mai accentuat decât în celelalte anotimpuri. Prin urmare, cantitățile de azot care intră în sol pe căi naturale sunt mai mari. Combinat cu faptul că toamna cantitățile și frecvența precipitațiilor sunt crescute, rezultă un risc de poluare cu nitrați a apelor subterane și a celor de suprafață mai mare decât în alte perioade. Acest aspect trebuie să îndemne la o utilizare cumpătată a îngrășămintelor, cu atât mai mult cu cât și perioada în care plantele au nevoie de azot este mai scurtă.
Pe de altă parte, în mod firesc, culturile semănate toamna au nevoie de nutrienți suficienți pentru ca la venirea perioadei reci să se afle într-o stare suficient de avansată de dezvoltare ca să poată suporta frigul.
Luând în considerare toate aceste aspecte, Codul de Bune Practici Agricole (CBPA) recomandă ca pentru culturile de toamnă să se aplice odată cu lucrarea de bază aproximativ un sfert din cantitatea totală anuală de îngrășăminte necesare. De asemenea, se recomandă ca aplicarea azotului să se facă numai sub formă amidică sau amoniacală, nu și azotică. Rezultatul unei astfel de proceduri va fi că plantele vor consuma, în prima fază, azotul rezidual din sol, contribuind astfel la reducerea cantităților de nitrați antrenate în pânza freatică sau în apele de suprafață.
Îngrășămintele verzi sunt o bună soluție de reducere a riscului de poluare precum și o soluție foarte bună pentru cei care doresc să practice o agricultură bio. Acest tip de îngrășăminte este foarte eficient pe solurile podzolice și nisipoase. Pe solurile grele, argiloase, la fel ca pe nisipurile din zonele secetoase, este bine ca încorporarea să se facă cu 30 – 45 de zile înaintea semănatului de toamnă. În zonele unde ploile sunt suficiente, în schimb, este bine ca încorporarea să nu se facă cu mai mult de două – trei săptămâni înaintea semănăturilor de toamnă.
În funcție de sol, umiditate, volum al masei vegetale, adâncimea de încorporare trebuie să fie cuprinsă între 18 și 25 cm. Când masa vegetală este foarte bogată sau este compusă din tulpini lungi, este bine să se facă și un discuit, care să mărunțească plantele.